Au temps des Phéniciens et habitants de l'anciennne Tartesse, elle était connue sous le nom de " Astaroth ".
Les romains l'ont appelée " Spéculum Rotae " et les arabes " Rábita Ruta ".

Plus tard, après la conquête d'Alfonso X vers la moitié du XIII siècle, elle prit le nom de " Rotta ". En 1309, elle dépend du seigneuriage des Ponce de León.Les Rois Catholiques visite la ville en 1477.

La découverte de l'Amérique apporte à Rota une grande activité commerciale, mais cela a aussi ses aspects négatifs comme les attaques que la population a soufferts durant les XVII et XVIII siècles. Elle fut victime des anglais et des hollandais qui ont pillé et détruit une grande partie du patrimoine. Au XIX siècle, pendant la Guerre de l'Indépendance, elle est occupée par l'armée française .

Après tout ces conflits, Rota a continué à travailler ses terres, les produits de son verger sont très connus ainsi que ses vins et sa cuisine à base de poisson et fruits de mer.
Ville cosmopolite dans la Baie de Cadix, de tradition marine et agricole, lieu de vacances, Rota a acquis une nouvelle physionomie plus urbaine et cosmopolite dû à l'installation de l'importante Base Naval américaine.