Mérida est représentative de la colonisation romaine dans une région qui n'avait jusqu'alors pas été urbanisée. Elle contient de nombreux restes de structures civiles.
La colonie Augusta Emerité a été fondée par Auguste en 25 avant J.-C. à la fin de la campagne d'Espagne. Ses premiers habitants furent des légionnaires ayant fini leur temps de service. Trois ans plus tard, elle devient la capitale de la province romaine de Lusitanie et, plus tard, de la Diocèse Hispaniarum. Au cours des premiers siècles du Christianisme, elle fut siège archiépiscopal de douze évêchés.

Point de départ de la conquête du Nord-Ouest de la péninsule ibèrique. Acquérant un rôle important, elle devint vite un centre commercial très actif ainsi qu'un carrefour de communications.
L'Espagne et Emerita bénéficièrent de la domination des empereurs Trajan et Hadrien qui la dotèrent de beaux édifices publics. La puissance et la prospérité d'Emerita se sont encore accrues quand elle devînt le siège du Vicarius de l'ensemble du diocèse d'Espagne, à la suite de la réforme administrative de Diocletien à la fin du IIIe siècle.
Emerita devient la capitale du royaume des Suèves en 422. Son développement prit encore un essor après la pacification de la péninsule par les Visigoths, commencée en 457. Ceux-ci s'y réfugièrent après leur défaite devant les Maures en 711.
La ville resta ainsi un foyer de résistance face à la domination mauresque, à tel point qu'en 834, Abderramhan II ordonne que les murs soient rasés pour construire une forteresse (Alcazaba) pour protéger le pont sur le fleuve Guadiana. De là, la ville commença à décliner.

Les vestiges de la ville antique, complets et bien conservés, comprennent notamment un large pont sur le Guadiana, un amphithéâtre, un théâtre, un vaste cirque et un remarquable système d'adduction d'eau. Ils constituent un excellent exemple de capitale provinciale romaine au temps de l'Empire et son évolution au cours des différentes étapes culturelles qui dessinent son histoire: époques paléochrétienne, visigothe, musulmane et chrétienne.

En devenant le centre des communications routières et ferrovières d'Estrémadure, elle a eu un nouvel essort au milieu du XIXe siècle. C'est actuellement la capitale de la Communauté Autonome et elle suit un modèle urbanistique qui respecte et met en valeur son histoire tout en cohabitant avec son développement présent.