Le XIIème siècle est appelé le " Siglo de Oro " (Siècle d'Or), à cause de la qualité éblouissante atteinte par les arts et les belles lettres. Le Musée du Prado en est le meilleur exemple en ce qui concerne la peinture.

La place d'honneur y revient sans aucun doute à Velázquez née a Séville il arriva à Madrid en 1622, et l'année suivante il fut nommé peintre de chambre de Felipe IV, poste qu'il occupa jusqu'à sa mort.
Des plus des cent tableaux dont il est l'auteur, le Prado en conserve 51, parmi lesquels se trouvent les plus beaux chef d'œuvre : Les Ménines , Les Fileuses, La Forge de Vulcain, Las Lanzas ou la Reddition de Breda.
Le Musée possède aussi de très nombreux tableaux d'autres grands peintres du "Siglo de Oro" : Ribalta, Ribera, appelé le "Spagnoletto" , Zurbarán et Murillo.
Le Prado offre aussi la possibilité de contempler la diversité de styles qui caractérise la peinture de Goya, un autre génie aussi universel que Velázquez qui fut le Peintre de Chambre de Charles IV.

Goya fut un homme cultivé, témoin lucide d'une des époques les plus critiques de l'histoire de l'Espagne. Le peintre pratique une peinture joyeuse et pleine de couleurs dans ses cartons de tapisserie aux thèmes populaires : L'Ombrelle, Les fleurs ou le printemps, et La maja y Los Embozados, pour atteindre, à la fin de sa vie, les Peintures Noires de la Quinta del Sordo, par exemple Le Sabbat et Saturne dévorant un de ses fils. Les deux Majas , l'une vêtue et l'autre nue, dont le modèle n'a jamais été identifié malgré d'interminables recherches, sont peut-être ses deux ouvrages les plus célèbres.
Le 2 Mai 1808 à Madrid: lutte avec les Mamelucs et Le 3 Mai 1808 à Madrid: les fusillades de la Montagne du Principe Pío, sont au jalon , de l'histoire de la peinture à cause du drame des évènements que Goya sut exprimer avec un réalisme poignant.

Parmi les meilleures oeuvres Musée on trouve celles des Peintres Flamands : La descente de la Croix, de Van der Xeyden, représente les artistes primitifs du XVème siècle , ainsi que La Pietà et la Vierge avec l'enfant. Le Jardin des délices et
La Charrette de foin ouvrent l'ensemble des oeuvres du Bosch.
De Patinir, le premier artiste qui donna ou paysage une importance de tout premier plan, on peut admirer La Traversée du Styx. Le Triomphe de la mort est un chef d'œuvre de Breughel l'Ancien.

Les Trois Grâces de Rubens président la collection, excellente et très abondante, du peintre flamand le plus représentatif du XVII siècle. Une importante collection de Van Dyck, et des natures mortes, des fleurs et des paysages de très grande qualité de l'ensemble de peinture flamande du Musée du Prado l'un des plus beaux du monde.