L'éblouissante collection de Peinture Italienne est représentée par L'Annonciation de Fra Angelico; la série de Botticelli ; Le Christ Mort de Messina et La Mort de la Vierge de Mantegna .

Du XVI ème siècle, Raphaël : Portrait d'un cardinal, La Sainte Famille à l'Agneau; Andrea del Sarto (Lucrecia di Baccio) et le Corrège, parmi d'autres. On y distinguera Titien et l'Ecole Vénitienne, dont les oeuvres forment la collection la plus importante réunie dans un seul musée. Il est presque impossible de choisir parmi les oeuvres de Titien : Charles Quint à la Bataille de Mühlberg, L'Impératrice Isabelle de Portugal, Danaé recevant la pluie d'or, La Bacchanale, Offrande à Vénus, Vénus et Adonis ou l'Autoportrait.
De Tintoret : Le Lavage et de Veronese, Vénus et Adonis et Moïse sauvé des eaux du Nil.
De l'Ecole Napolitaine, Luca Giordano avec le Rêve de Salomon et, en plein siècle XVIII, Tiepolo avec l'émouvante Immaculée Conception.

L'intéressante collection de Peinture française : Poussin (Le Parnasse): Claude de Lorraine (Embarquement de Sainte Pauline à Ostie) et Watteau (Fête dans un parc), avec d'autres peintres du XVII et XVIII émes siècles, compte depuis peu avec Le joueur de vielle de Georges de La Tour.

En tête des œuvres hollandaises se trouve l'une des plus belles oeuvres de Rembrandt : Artémise, accompagnée par des natures mortes et des paysages représentatifs de la Hollande.

Les toiles d'Adam et Ève et l'Autoportrait de Dürer, avec les portraits de Mengs, forment la collection de peinture allemande.

En ce qui concerne la Peinture Britannique , on trouve des oeuvres importantes du XVIIIe et du XIXe siècles (Gainsborough, Reynolds, Romney et Lawrence).

Quelques 700 sculptures, que Philippe II commença à collectionner, complètent l'extraordinaire pinacothèque.
Cette collection comprend des oeuvres anciennes (sculpture sumérienne, égyptienne, grecque archaïque et classique, romaine) et d'autres plus récentes, jusqu'au XIX e siècle.

De la sculpture classique, on trouve des pièces exceptionnelles, comme la Vénus de Madrid et la Vénus à la Coquille.
La collection de la Reine Christine de Suède (Groupe de San Ildefonso, par exemple) achetée par Philippe V, est la plus intéressante du Musée, Parmi les oeuvres datant de la Renaissance on remarquera les bronzes de Leone Leoni et de Pompeo Leoni: L'Empereur Charles Quint et la Fureur et L'Impératrice Isabelle.
Le Trésor du Dauphin, que Philippe V hérita de Louis XIV, roi de France, est formé par de très riches vases taillés, de la vaisselle, des joyaux et des pièces uniques.