Au Pays Basque, les traces d'habitats préhistoriques sont nombreuses dans diverses grottes et abris. Témoins de la fin de la période protohistorique, on rencontre dans les montagnes des dolmens, des pierres levées et de très nombreux cromlechs (cercles de pierres levées avec une sépulture au centre).
Il existe une suite d'articles sur ce sujet dans le "bulletin du musée basque" de Bayonne. Sur les enceintes protohistoriques, consulter le "bulletin de la société des sciences, lettres et arts" de Bayonne. La thèse la plus communément admise maintenant sur l'origine des Basques est qu'ils sont les derniers representants les moins altérés des hommes de Cro-Magnon.
Une science récente, l'hémotypologie, montre qu'on rencontre dans le groupe sanguin des basques une proportion nettement plus forte qu'ailleurs de Rhésus négatif. Cela les différencie des envahisseurs Indo-Européens, dont les premiers ont été les celtes.

La langue constitue un autre mystère. Elle est sans rapport avec toute autre langue.Très difficile à apprendre. Arthur Campion a dit : "C'est l'algèbre, dont les éléments sont simples et les combinaisons innombrables."
Quelques mots permettraient de la faire remonter à l'époque préhistorique. Par exemple, des noms qui désignent des instruments tranchants dérivent du mot "pierre". Ils sont donc antérieurs à l'utilisation des métaux par l'homme. De cette époque lointaine, il reste un autre témoin, c'est le petit cheval "pottok" qui vit à demi-sauvage dans les landes et les montagnes. Sa silhouette est la même que celle des chevaux peints dans les grottes par l'homme préhistorique.
A l'époque historique, le Pays Basque, sans frontière naturelle précise, se définit comme le pays de ceux qui parlent basque -selon le terme employé par les basques eux-mêmes.La langue reste donc l'élément déterminant. La paix romaine est venue régner sur la péninsule Ibérique et la Gaule, à peu près complétement conquis au 1er siècle avant notre ère. La pénétration romaine en Pays Basque sera assez faible, et le passage des grandes invasions, peu marqué avec les Vandales, plus nette avec les Wisigoths, puis les Francs.
Les arabes ne font qu'un aller-retour rapide d'Espagne à Poitiers; au 9ème et jusqu'à la fin du 10ème siècle, les Normands installés à Bayonne pillent régulièrement le pays. Le royaume de Navarre se forme par la lutte contre les Maures. Le labourd et la Soule rentrent respectivement dans l'organisation féodale des ducs de Gascogne et des vicomtes de Béarn. Ces terres connaissent de grandes libertés, le servage n'existe pas. Des assemblées populaires démocratiques s'occupent des affaires publiques, le plus souvent sans participation de la noblesse et du clergé.

Au début du 9ème siècle, il se produit dans la lointaine Galice un événement très important pour le Pays Basque. C'est la découverte d'un tombeau que l'on croit être celui de l'apôtre Jacques. Ce sont les débuts du pélerinage à Saint-Jacques-de-Compostelle, source de revenus pour les régions traversées. Jusqu'au 18ème siècle, des centaines de milliers de croyants iront, à pied pour la plupart, jusqu'à Santiago. Pour les aider, tout au long du chemin, on construit des basiliques, des abbayes, des chapelles, des hôpitaux, véritables hostelleries. Il se crée des routes traditionnelles et les quatres grandes voies jacobites qui traversent la France se réunissent à Ostabat, dans le nord de la Basse-Navarre. La route suit alors l'ancienne voie romaine de Bordeaux à Astorga et les pyrénées sont franchies par Roncevaux.
Une autre route moins sûre passe à l'Est par le Somport et une troisième par les petits cols du Labourd. Cette dernière, depuis Bordeaux, est la moins importante, et il faut à tout prix éviter les marécages qui entourent l'embouchure des cours d'eau qui se jettent dans l'océan. Quelques voyageurs écrivent le récit de leur itinéraire pour servir aux futurs pélerins. C'est ainsi que Aymeri Picaud a écrit au 12ème siècle le Pays Basque et les Basques... qu'il n'apprécie guère, surtout le navarrais, qui "pour un sou seulement tue, s'il le peut, un français". Fort de sa qualité de Poitevin, il juge de haut et son chauvinisme est aggravé par la barrière de la langue : "on croirait entendre des chiens aboyer."
Ces pélerins étaient en quelque sorte les premiers touristes. Formons le souhait que ceux d'aujourd'hui ne jugent pas d'un regard froidement supérieur et qu'ils essayent de comprendre et d'aimer ceux qu'ils visitent.

En 1154, le Comte d'Anjou Henri Plantagenet, second époux d'Aliénor d'Aquitaine, répudié par le roi de France, devient roi d'Angleterre. Les possessions d'Aliénor, dont le Labourd et la Soule, deviennent anglaises pour trois siècles. La guerre entre la France et l'Angleterre se termine en 1451 par la prise de Bayonne et le retour des biens d'Aliénor à la couronne de France. Les français reconnaissent aux Labourdins et Souletins les mêmes droits ,que ceux octroyés libéralement par les Anglais. Mais le pays s'appauvrit après la disparition des baleines pêchées devant les côtes au moins depuis le 7ème siècle et en raison de la guerre entre la France et l'Espagne qui ravage le Labourd (en 1636 fin de la guerre de 30 ans).
C'est dans ce contexte, renforcés par le sentiment de défiance à l'égard de minorités raciales ( bohémiens et juifs chassés d'Espagne -cagots, descendants de soi-disant lépreux) qu'éclate le Procès des Sorcières du Labourd. Il est instruit par un conseiller de Bordeaux, Pierre de Lancre, qui se livre aux excès habituels en ce cas. Les retours des marins de Terre-Neuve, les appels au roi Henri 4 de l'evêque de Bayonne après la mort de quelques prêtres sur le bûcher, font rappeler le Conseiller.
Henri III de Navarre devenu Henri IV de France amène le rattachement de la Navarre à la France, qui n'est proclamé qu'en 1620 par Louis XIII. La province avait été réduite à la partie au Nord des Pyrénées après l'annexion de la partie Sud à la couronne d'Espagne en 1512.
La lutte avec l'Espagne se termine enfin par le Traité des Pyrénées en 1659 et le mariage de Louis XIV avec une princesse espagnole à St-Jean-de-Luz. La paix et la prospérité reviennent jusqu'à la révolution de 1789. N'ayant pas connu la féodalité, garantis par les coutumes écrites des "fors", les Basques se sentent peu concernés.

Un an après la reprise de la guerre avec l'Espagne en 1793, prétextant des desertions, tout un groupe de communes du Labourd sont déclarées "infâmes".
Leurs habitants sont déportés dans les Landes et le Gers et ils y mourront en grand nombre.
La guillotine fonctionne quelque peu, et le culte officiel de la Déesse Raison rencontre des oppositions très fortes, tout comme les prêtres assermentés.
La révolution, dans un souci égalitaire, avait d'abord aboli les privilèges, donc les "fors" et crée un seul département par la réunion avec le Béan voisin. On conteste à nouveau aujourd'hui cette décision, parfois d'un simple point de vue "nationaliste" ou plus exactement fédéraliste, dans le cadre de l'Europe entière.
C'est une question qu'on ne peut éluder, et il faudrait faire preuve de beaucoup de bonne volonté pour essayer de trouver une solution.
Une dernière fois, le pays Basque est un champ de bataille lors de l'arrivée des armées alliés contre Napoléon en 1813. La bataille autour de Mouguerre fut la plus sanglante. Par la suite peu de faits marquants dans l'histoire du Pays Basque, tout au moins dans sa partie Nord, sinon les contrecoups des événements dans la partie Sud : les deux guerres carlistes, la guerre civile et le réveil du nationalisme.

Le plus important, c'est l'essor du tourisme, après la venue à Biarritz pour leurs vacances de l'Empereur Napoléon III et de l'impératrice Eugénie, suivis par toute la Cour et par les Rois, Princes et hommes d'Etat de l'Europe entière. Mouvement amplifié sous les débuts de la troisième République, la Belle Epoque, les Années Folles, et maintenant par la "civilisation des loisirs". Ce qui finit par poser biens des problèmes, surtout sur la côte, comme dans toutes les zones de forte "touristification". Le Pays Basque, depuis près de deux siècles, participe aux événements du monde occidental, avec des guerres, la paix, des périodes de prospérité et de dépression, les heurs et malheurs de la planète.
Une différence, mais de taille, il n'y aura pas d'industrialisation notable, tout au moins au Nord des Pyrénées. Telles sont les grandes lignes, très schématisées, de l'histoire des trois provinces depuis leur origine.